Johann-Wilhelm Rautenberg wurde 1. März 1791 in Moorfleth, damals noch ein Dorf bei Hamburg, geboren. Nach dem Besuch der Dorfschule arbeitete er zunächst als „Schulgehülfe“ in Altona und St. Pauli, bis er im Dezember 1810, gefördert durch den damaligen Direktor Gurlitt, ins Johanneum eintrat. 1813 floh er vor den französischen Besatzungstruppen nach Kiel, wo er ein Studium der Theologie aufnahm, das er in Berlin fortsetzte. Am 28. Februar 1817 absolvierte er sein theologisches Examen in Hamburg. Am 12. Oktober 1820 wurde er in sein Amt als Pastor der Dreieinigkeitskirche in St. Georg eingeführt, das er bis zu seinem Tode am 1. März 1865, seinem 74. Geburtstag, innehatte.

Das Bild "Pastor Johann Wilhelm Rautenberg und Familie" 1833 von Carl Julius Milde gemalt und heute im Besitz der Hamburger Kunsthalle, zeigt ihn mit seiner Frau (am Tisch sitzend) und drei seiner sechs Kinder.